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BioXM

リサーチデータナレッジマネジメントシステム

#バイオ関連データベース #セマンティック検索

BioXM ~知識データを「資産」に変える~

Biomax Informatics社のBioXMはオールインワンのエンタープライズ向けナレッジマネジメントシステムです。社内外の研究データ(論文、実験データ、化合物データ、遺伝子データ等)を統合し、データ間の因果関係を視覚的に表現し知識として活用することが出来るプラットフォームです。

またBioXMは特定の研究内容や事業ニーズに基づいてカスタマイズされたソリューションを提供することが可能です。社内外のデータを統合したユーザー独自のナレッジモデルは、これまで見出せなかった新たな知見を発見し、タイムリーかつ正確な意思決定を可能にします。

BioXMについて

プラットフォームの構築

BioXMのプラットフォーム構築には以下の4ステップを行います。

Step 1 ナレッジモデルの概念を定め、設計をする
Step 2 ナレッジモデルの実装、データをインポート
Step 3 検索環境の構築と概念の検証
Step 4 GUI、レポートの構築

Step 1から3を繰り返すアジャイル式のシステムインテグレーションを実施することでご要望に対して迅速かつ柔軟に対応することが可能です。

 

研究用途に応じたカスタマイズ

BioXMが持つ柔軟なカスタマイズ機能によってその活用方法は事実上無限です。以下はシステム活用方法の一例になります。

  • 臨床データ、試験情報、統計解析結果を創薬初期化合物データと統合
  • マルチオミックスデータから疾患の重要な要因と関連性を見出す
  • 文献マイニングに基づいてバイオマーカー候補を特定し、実験結果と比較
  • 化合物情報から活性・毒性プロファイルを改善するような構造の提案
  • 文献マイニングと専門家知識に基づいて疾患マップを作成し、DBや臨床データを接続
  • 特定のオントロジーを使用して生物学的機能を分類する
  • 開発中もしくは上市後の薬における作用機序や副作用の検索
  • 特定の疾患を持つ患者を層別化して、患者タイプ毎の薬剤治療を可能にする
  • 市販後調査で将来起き得る副作用イベントの調査
  • 外部統計パッケージ、各種インフォマティックスツール、Webサービスの統合

 

 

 

コンテンツ

BioXMには以下のコンテンツが含まれています。

コンテンツ

  • 80以上のデータベース情報(Reactome, ENSEMBL, EntrezGene, MEDLINE, REFSEQ, UniPROT KB, Genebank, EMBL_PATENT DNA, EMBL_PATENT_PROTEIN等)
  • 100以上のオントロジー情報(CHeBI, GO, InterPro, NCBI Taxon, EC等)

 

ツール

  • Genome Importer
  • Genome Browser
  • VCF Importer
  • Blast
  • EMBOSS SequenceTools
  • Graph Viewer
  • Network Search

 

Java Client & WebPortal

  • Genome Repository
  • Variant Upload
  • Interactive Sequence analysis
  • Pathway Repository & Visualization
  • Integration of -omics data
  • Strain Management

※記載の商品名等は各社の登録商標、または商品の場合があります。

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