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MIGEC

レパトアシーケンスデータ用エラー修正ソフトウェア

#免疫レパトア #レパトア解析 #MIG #NGS

MiLaboratories社のMIGEC (Molecular Identifier Guided Error Correction pipeline) は分子バーコード技術 (MIG) を使用して生成された免疫レパトアシーケンスデータのエラー修正を容易にするソフトウェアです。

ハイスループットシーケンスによる抗体およびT細胞受容体レパートリーの詳細なプロファイリングは、適応免疫研究にとって魅力的なアプローチとなってきましたが、その精度はPCR増幅エラーとNGSシーケンスエラーの蓄積によって損なわれることが課題となっています。MIGEСは独自のホットスポットエラー修正アルゴリズムによって、複雑な免疫レパートリーが持つ本来の多様性を維持しつつ、ほぼ全てのエラー修正を行うことが可能になりました。これにより、従来の単純なバーコードベースのデータ解析よりもロバストでエラーのない精度の高い結果の提供を可能にしています。

MIGECは同じMiLaboratories社のMiXCRと組み合わせることで、高品質なTCR/IGレパートリーの全長プロファイリングを可能にします。

~ MiLaboratories社製品におけるレパトア解析フロー ~

*本ソフトは、Illumina社 MiSeq™ および HiSeq™ を使用して配列決定された、ライブラリー向けに設計されています。

MIGECについて

MIGECについて

MIGECは、cDNA合成の段階で導入されたユニークな分子識別子に依存し、シーケンスデータからほぼすべての実験エラーをコンピューター上でフィルタリングが可能です(下図参照)。

 

MIGECの特徴

MIGECは以下の特徴を持っています。

  • 次世代シーケンス(NGS)データのサンプル毎の分類、リードのオーバーラップ、アダプターのトリミング。 UMIシーケンスの抽出
  • 同一の分子識別子でリードをグループ化することにより、ライブラリー内にあるオリジナル分子のコンセンサス配列をアセンブリすることが可能
  • VDJ領域のマッピング、CDR3領域の抽出、ヒトおよびマウスすべての免疫受容体(TRA / TRB / TRG / TRDおよびIGH / IGL / IGK)クロノタイプのアセンブリ
  • CDR3シーケンスのホットスポットエラーの追加フィルタリング
  • CDR3の識別を可能にする生殖系列配列(IMGTに基づく)を持つすべての種と遺伝子のペアをサポート(*1)

 

(*1) CDR3識別可能な種と遺伝子ペア一覧

Species(生物種) Gene(遺伝子)
HomoSapiens(ヒト) TRA, TRB, TRG, TRD, IGL, IGK, IGH
MusMusculus(ハツカネズミ) TRB, TRG, TRD, IGL, IGK, IGH
MacacaMulatta(アカゲザル) TRB, IGK, IGH
OryctolagusCuniculus(ウサギ) IGL, IGK, IGH
RattusNorvegicus(ラット) IGL, IGH
CanisLupusFamiliaris(イヌ) TRB, TRG
SusScrofa(イノシシ) IGL, IGK
BosTaurus(ウシ) TRD
MusSpretus(アルジェリアハツカネズミ) IGL
GallusGallus(ニワトリ) TRB
AnasPlatyrhynchos(マガモ) TRB

 

稼働環境

MIGECの稼働環境は以下となります。

  • OS:下記記載の JAVA が動作する Windows、Linux、MAC OS X
  • Java Runtime Environment バージョン 8 以上
  • グラフの出力には R の実行環境を必要とします(v 3.1.0 でテスト済)
    * R は MIGEC 及び VDJtools の動作に必要です。

 

文献情報

Shugay M et al. Towards error-free profiling of immune repertoires. Nature Methods 11, 653-655 (2014) doi: 10.1038/nmeth.2960.

 

※記載の商品名等は各社の登録商標、または商品の場合があります。

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