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MiXCR/MIGEC/VDJtools

免疫レパトア解析ソフトウェアシリーズ

#免疫レパトア #レパトア解析 #NGS #TCR #BCR

米国 MiLaboratories社製のMiXCR、MIGEC、VDJtoolsの3製品は、NGSエラー修正からデータの可視化まで、高精度な免疫レパトア解析に有効なソフトウェアです。

 

免疫レパトア解析とは

T細胞やB細胞の表面に発現するT細胞受容体(TCR)やB細胞受容体(BCR)の遺伝子の多様性を解析する手法です。
次世代シーケンサーを用いた網羅的なTCR/BCRレパトア解析により免疫状態の変化を定量化することで、治療薬の有効性評価、がん、白血病、悪性リンパ腫の診断精度向上への活用が期待されています。
現在世界的に猛威を奮っているコロナウイルス等の新型ウイルスによる感染症の病態解明においても注目されている技術です。

 

免疫レパトア解析フロー

MiLaboratories社製品におけるレパトア解析フローは以下のとおりです。

MiXCR/MIGEC/VDJtoolsについて

 

ソフトウェアの紹介

各種ソフトウェアのより詳細な情報は、記載の製品ページをご覧ください。

 

 

免疫レパトア解析ソフトウェア 「MiXCR」  ☆☆ 1ヶ月間・無料トライアル実施中 ☆☆


MiXCR は、TCR/BCRレパトア解析におけるゴールドスタンダードとされ、ユーザーはサンプルから迅速かつ正確にあらゆるレパートリーを解析することが可能です。
試薬と組み合わせ免疫細胞の反応量を数値化できるため、従来よりも短時間かつ正確に対象となる抗体遺伝子を検出できます。
RNA-Seq・RepSeq・WGS・シングルセルデータ等から、レパートリーデータの抽出が可能です。

 

 

レパトアシーケンスデータ用エラー修正ソフトウェア 「MIGEC」


MIGECは、免疫レパトアシーケンスデータのエラー修正を容易にし、ロバストでエラーのない、高精度な結果を提供するソフトウェアです。
ハイスループットシーケンスによるTCR/BCRレパートリーの詳細なプロファイリング精度は、PCR増幅エラーとNGSシーケンスエラーの蓄積によって損なわれることが課題となっています。
MIGECは独自のホットスポットエラー修正アルゴリズムによって、複雑な免疫レパートリーが持つ本来の多様性を維持しつつ、ほぼ全てのエラー修正を行うことが可能です。

 

 

レパトアシーケンスデータ統合解析ソフトウェア 「VDJtools」


VDJtoolsは、レパトアシーケンスデータの事後解析を容易にするために設計されたデータ可視化用のソフトウェアです。
データの多様性や各種ツールから出力されるデータ形式の違いによるギャップを補完し、統計解析、結果のビジュアライゼーションまでをサポートします。
計算科学のバックグラウンドがないユーザーでも、簡単な操作で効率的な解析作業が可能になります。

 

 

 

参考

・MiLaboratories社 ホームページ  https://milaboratory.com/

 

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