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BIONUMERICS

系統分類・品質管理

#微生物 #系統分類 #電気泳動 #MALDI-TOF #統計解析

BioNumericsは、1次電気泳動画像をはじめとし、酵素活性テストパネル、塩基配列などの生物学実験を通して得られる、様々なデータをデータベース化し、分類・解析・同定を行う統合ソフトウェアです。
BioNumericsは、特に微生物の系統分類・食品などの品質管理に優れ、各国の研究機関に導入されて高く評価されています。
なお、姉妹製品のGelComparIIは2018年6月に販売及びサポートを終了いたしました。

BIONUMERICSについて

BIONUMERICS のライセンスタイプ

BioNumerics8では、お客様がご希望とされるアプリケーションに応じて、4つのライセンスタイプをご用意しております。

 

BIONUMERICS GEL

Fingerprint typesデータ解析のゴールドスタンダード

  • あらゆるタイプの1次元電気泳動画像およびシーケンサーベースの電気泳動パターン(PFGE、RAPD、rep-PCR、MLVA、MIRU-VNTR、DGGEなど)をインポートして正規化
  • レーン、バンド、ピークの自動検出機能(最大20,000エントリまで可能)
  • バックグラウンド処理、カーブスムージング、スポット除去等の調整
  • マーカを使ったレファレンスシステムによるノーマライゼーション機能
  • バンドの定量化
  • 多型分析

 

BIONUMERICS MALDI

MALDI-TOFデータを用いたバクテリア研究アプリケーション

  • MALDI TOF質量分析装置(例:bioMérieux VITEK MS, RUO)からのメタデータとrawスペクトルデータのインポート
  • ピークテーブルの作成と統計解析
  • 統計解析によるバイオマーカーの同定、線形判別分析(LDA)、ヒートマップなど
  • 各種チャートやプロット機能
  • 数多くの統計的検定で仮説を検証
  • クラスター分析、主成分分析(PCA)、多次元スケーリング(MDS)などを用いた類似スペクトルのグループ判別など
  • サポートベクターマシンや単純ベイズ分類などの機械学習アルゴリズムを用いた参照データベースの作成と検証、参照データベースに対する未知サンプルの識別

Antibiotics susceptibilityプラグインを使用すると、カットオフ値を設定し、抗生物質耐性データを自動的にSIRカテゴリ(Susceptible, Intermediate, Resistant)に変換し、デンドログラムの計算や統計分析を行うために使用することができます。

 

BIONUMERICS SEQ

微生物WGSベースのタイピングのための最も包括的な解析ツール

  • 42種類の利用可能なスキームを用いて、wgMLST、wgSNPタイピングが可能
  • WGSデータと従来の技術を1つのデータベースで管理可能
  • 任意のNGS装置からのシークエンスデータのインポート、およびSangerシークエンスデータのインポート(MLST, MLVA)
  • ロングリードとショートリードのハイブリッドアセンブリ
  • 統合されたパイプラインを自身のコンピュータまたは外部計算エンジンで実行
  • バクテリアゲノムのアノテーション
  • 抵抗性・病原性遺伝子の予測、代替タイピング法(spa typing、serotyping、など)
  • プライマー設計、制限酵素解析、ORF決定など
  • WGSツール

 

BIONUMERICS SUITE

微生物バイオインフォマティクスにおけるすべての主要なアプリケーションの統合解析を提供する唯一のソフトウェアプラットフォーム

BN SUITEは、GEL・MALDI・SEQが持つ機能すべてを兼ね備えたライセンスタイプで、お客様の菌株すべての実験データを簡単に管理及び解析することができます。生物学的データ管理、データベーススクリーニング、ユーザー管理、意思決定ツールを容易にするためのデータベースツールを備えています。

  • 1D電気泳動ゲル(PFGE)データ
  • クロマトグラフィーおよびMALDI-TOFスペクトルデータ
  • WGSおよびSangerシーケンスデータ
  • 表現型のキャラクタータイプデータ
  • ネットワーク上でデータベースを共有するか、データ交換ツールを使用して共同編集者と共有可能
  • オンラインヘルプ

 

BIONUMERICS の主なデータ解析機能

統計解析

  • 系統樹解析1(UPGMA, Ward, Single Linkage, Neighbor Joining)
  • 系統樹解析2(Minimum Spanning Tree)
  • 多変量解析(MDS, SOM, PCA, ANOVA/MANOVA)
  • 評価ツール(Bootstrap, Jackknife など)
  • 統計(Chi-square test, T-test, Pearson Correlation test, Spearmann rank-order など

 

BIONUMERICS のライセンスの違い

 

BIONUMERICS の計算エンジン

Bionumericsは下記3種類の計算エンジンで実行可能です。

  • Local PC (自身のPC)
  • Applied Maths cloud (有料のクラウドサービス)
  • On premise (自身のサーバやプライベートクラウド環境)

※詳細は下記リンクをご確認ください。
https://www.bionumerics8.com/calculation-engine


 

稼働環境


BioNumerics v8.0は以下の環境のコンピュータで使用することができます。

OS:Windows 8.1/10/Server(2012 R2/2016/2019) (64bit推奨)
プロセッサ:Intel Core i5, 2GHz以上(Intel Core i7, 2.6GHz以上推奨)
メモリ:8GB以上 (16GB以上推奨)(構成によります。お問合せ下さい)
ハードディスク空き容量:2GB以上(ソフトウェアのみ)
画面解像度:32bitカラー、WXGA(1440×900)以上(1920×1080以上推奨)
USBポート

 

※記載の商品名等は各社の登録商標、または商品の場合があります。

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