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Proasis 4

タンパク質リガンド複合体データベースシステム

#データベース #タンパク質 #リガンド #SBDD #PDB #AlphaFold

豪州DesertSci社開発のProasis 4は、タンパク質及びタンパク質リガンド複合体の構造情報を格納するフレキシブルなデータベースシステムです。Protein Data Bank (PDB)の公共データや結晶構造解析、分子モデリングで得られた社内データを統合し、ウェブベースのインターフェースを使ってインタラクティブにアクセスすることが可能です。Proasis 4は多彩な検索機能を有する上、タンパク質構造解析やリガンド設計を支援する様々な機能が実装されています。

Proasis 4はDesertSci社が欧米大手製薬企業との長年にわたる共同研究の経験に基づき開発されたもので、クリスタルグラファー、モデラー、ベンチケミストらの多様なニーズを満たすシステムです。

Proasis 4について

構造情報の登録

タンパク質及びタンパク質リガンド複合体の構造情報をWebインターフェースを使ってRDB (リレーショナル・データベース)に登録します。PDBファイルから情報を自動的に取得・割り当てを行い、構造因子ファイルなどの関連する情報も紐づけて登録が可能です。コマンドラインでのバッチ登録に対応しています。また、GoogleのDeepMindによって開発された人工知能プログラムであるAlphaFoldから得られた構造データを登録してProasis 4上で活用することも可能です。

検索機能

Proasis 4は様々な条件で検索することが可能です。検索と検索結果の閲覧はWebインターフェース上で行います。また各種形式でレポーティングすることが可能です。

  • プロジェクト名
  • 構造ID、リガンドID
  • テキスト
  • アミノ酸配列
  • 類似構造、部分構造
  • 登録日
  • リガンドサイズ
  • 配列類似性 等

 

解析機能

検索結果を使って構造の重ね合わせや相互作用・アフィニティ解析(ViewContacts/Scorpion)を行うことが可能です。
ViewContacts/Scorpionについては以下サイトの情報をご確認ください。

タンパク質リガンド結合サイト解析システム ViewContacts/Scorpion

 

稼働環境

Proasis 4の稼働環境は以下となります。

  • サーバー:RedHat Enterprise Linux 6、CentOS 6以降
  • データベース:Oracle またはMySQL
  • クライアント:Windows, Linux, Mac
  • クライアント用Webブラウザ:Internet Explorer, Firefox, Google Chrome等各種に対応

※記載の商品名等は各社の登録商標、または商品の場合があります。

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